กองทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ให้มีผู้อำนวยการกองทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม (นักบริหารงานทั่วไป ระดับกลาง) เป็นผู้บังคับบัญชาข้าราชการ ลูกจ้างและพนักงานจ้าง และรับผิดชอบในการปฏิบัติราชการของกองทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม โดยแบ่งส่วนราชการภายใน ออกเป็น 2 ฝ่าย ดังนี้
- ฝ่ายสิ่งแวดล้อม ให้มีหัวหน้าฝ่ายสิ่งแวดล้อม (นักบริหารงานทั่วไป ระดับต้น) เป็นผู้บังคับบัญชามีหน้าที่รับผิดชอบ
- งานอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
- งานคุ้มครอง ดูแล และบำรุงรักษาป่าไม้
- งานเกี่ยวกับสนับสนุน การวางแผนและประสานงาน ด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
- งานควบคุมมลพิษ
- งานบำบัดน้ำเสียรวม
- งานกำจัดขยะรวม
- งานควบคุมมลพิษรวม เช่น อากาศ น้ำและดิน
- งานส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อม รณรงค์ให้ความรู้ความเข้าใจ เกี่ยวกับภัยพิบัติสิ่งแวดล้อม คุณภาพน้ำ ดิน และอากาศ
- งานประสานติดต่อนัดหมายหน่วยงานและผู้นำชุมชน หรือบุคคลอื่นๆ
- งานจัดเตรียมเอกสารและหลักฐานและแบบฟอร์มต่างๆ
- งานจัดเก็บรักษาข้อมูลสถิติ เอกสารหลักฐานหนังสือราชการ ระเบียบ คำสั่งต่างๆ
- งานชี้แจงรายละเอียดข้อมูลเกี่ยวกับการคืนเงินค่าสมทบน้ำมันเชื้อเพลิง
- งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
- ฝ่ายทรัพยากรธรรมชาติ ให้มีหัวหน้าฝ่ายทรัพยากรธรรมชาติ (นักบริหารงานทั่วไป ระดับต้น) เป็นผู้บังคับบัญชามีหน้าที่รับผิดชอบ
- การสงวน อนุรักษ์ และฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม การจัดการการใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน
- งานแผนบริหารจัดการศึกษา วิจัย พัฒนา อนุรักษ์ ฟื้นฟู ควบคุม ดูแล กำกับ ประสาน ติดตาม ประเมินผล และแก้ไขปัญหาเกี่ยวกับทรัพยากรน้ำ ทรัพยากรน้ำบาดาล ทรัพยากรป่าไม้และสัตว์ป่า ทรัพยากรธรณี ซากดึกดำบรรพ์ โดยการมีส่วนร่วมของประชาชน
- งานศูนย์ข้อมูลและการพัฒนาระบบฐานข้อมูลสารสนเทศเกี่ยวกับทรัพยากรน้ำ ทรัพยากรน้ำบาดาล ทรัพยากรป่าไม้และสัตว์ป่า ทรัพยากรธรณี ซากดึกดำบรรพ์
- งานส่งเสริมเผยแพร่ประชาสัมพันธ์ให้ความรู้เพื่อปลูกจิตสำนึกให้ตระหนักถึงคุณค่าความสำคัญของทรัพยากรน้ำ ทรัพยากรน้ำบาดาล ทรัพยากรป่าไม้และสัตว์ป่า ทรัพยากรธรณี ซากดึกดำบรรพ์
- งานตรวจสอบ วิเคราะห์คุณภาพน้ำบาดาล การเจาะ การพัฒนาน้ำบาดาลเพื่อสนับสนุนการอุปโภคบริโภค อุตสาหกรรม และผลกระทบที่เกิดจากการพัฒนาทรัพยากรน้ำบาดาล
- งานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำบาดาลเพื่อเตรียมความพร้อมในภาวะฉุกเฉิน รวมทั้งการแก้ไขและบรรเทาปัญหาวิกฤตภัยธรรมชาติทั้งภัยแล้ง และน้ำท่วมงานควบคุม กำกับดูแล ป้องกันการบุกรุกทำลายป่า
- งานจัดทำแผนป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย
- งานประสานการจัดทำแผนป้องกันภัยกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
- งานประสานงานบรรเทาสาธารณภัยกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
- งานอบรมให้ความรู้เกี่ยวกับการป้องกันภัย
- งานสร้างเครือข่ายการป้องกันภัย
- งานโต้ตอบหนังสือราชการเกี่ยวกับโครงการขุดเจาะบ่อบาดาลฯ และให้คำปรึกษา
- งานโครงการ (อพ.สธ.) เป็นงานสนองพระราชดำริโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช อันเนื่องมาจากพระราชดำริสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี
- งานสำรวจจัดทำแผนขุดเจาะน้ำบาดาลตามโครงการฯ
- งานจัดประชุมทั่วไปภายในกองทรัพยากรทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
- งานสารบรรณ งานธุรการ ของกองทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
- งานราชการทั่วไปที่ไม่ได้อยู่ในฝ่ายใด
- งานอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย